通过Pubchem、ETCM、Super Pedr、Swiss Traget Pedictionr和GEO数据库获取积雪草酸、木犀草素、宫颈癌的交集靶点,构建蛋白互作网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape软件构建“药物-靶点-通路”网络机制图并进行分子对接。结果发现积雪草酸、木犀草素、宫颈癌共133个交集靶点、299项GO功能和60条KEGG信号通路,6个核心靶点(IL1B、CXCL8、CASP8、CCL2、MMP9、PRKCB),分子对接的结合能均<-5.0kcal·mol-1,说明积雪草酸联合木犀草素能够通过多靶点、多通路发挥抗宫颈癌的作用。
通过Pubchem、ETCM、Super Pedr、Swiss Traget Pedictionr和GEO数据库获取积雪草酸、木犀草素、宫颈癌的交集靶点,构建蛋白互作网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape软件构建“药物-靶点-通路”网络机制图并进行分子对接。结果发现积雪草酸、木犀草素、宫颈癌共133个交集靶点、299项GO功能和60条KEGG信号通路,6个核心靶点(IL1B、CXCL8、CASP8、CCL2、MMP9、PRKCB),分子对接的结合能均<-5.0kcal·mol-1,说明积雪草酸联合木犀草素能够通过多靶点、多通路发挥抗宫颈癌的作用。
目的 利用高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS/MS)分析半枫荷醇提物的主要成分,结合网络药理学进一步探讨半枫荷抗风湿性关节炎有效物质及作用机制。方法 依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征分析半枫荷醇提物的主要化学成分,结合Pubchem数据库、Swiss Target Prediction数据库预测半枫荷的作用靶点。利用GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库获得疾病靶点,用Venny图绘制平台获得成分和疾病的交集靶点;通过String数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建化合物-靶点相互网络、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选核心靶点,利用David数据库对潜在的核心靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并制作GO双侧柱状图、富集结果分析图。用Cytoscape 3.9.0软件构建“活性成分-靶点-疾病-通路”网络图与活性成分与潜在靶点的网络图。用PyMOL和AutoDock Vina软件进行分子对接。结果 从半枫荷醇提物中鉴定84个成分,从数据库筛选出43种活性成分...
目的 利用高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS/MS)分析半枫荷醇提物的主要成分,结合网络药理学进一步探讨半枫荷抗风湿性关节炎有效物质及作用机制。方法 依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征分析半枫荷醇提物的主要化学成分,结合Pubchem数据库、Swiss Target Prediction数据库预测半枫荷的作用靶点。利用GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库获得疾病靶点,用Venny图绘制平台获得成分和疾病的交集靶点;通过String数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建化合物-靶点相互网络、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选核心靶点,利用David数据库对潜在的核心靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并制作GO双侧柱状图、富集结果分析图。用Cytoscape 3.9.0软件构建“活性成分-靶点-疾病-通路”网络图与活性成分与潜在靶点的网络图。用PyMOL和AutoDock Vina软件进行分子对接。结果 从半枫荷醇提物中鉴定84个成分,从数据库筛选出43种活性成分...
通过网络药理学方法筛选获得积雪草酸与IA1期宫颈癌的交集靶点,分析GO功能和信号通路,经拓扑学筛选核心靶点,进行分子对接验证。结果表明,积雪草酸与IA1期宫颈癌有60个交集靶点,涉及101项GO功能和30条KEGG信号通路,确定了4个核心靶点(IL1B、CXCL8、CCL2和TLR4),分子对接验证结果显示积雪草酸与核心靶点结合稳定。
通过网络药理学方法筛选获得积雪草酸与IA1期宫颈癌的交集靶点,分析GO功能和信号通路,经拓扑学筛选核心靶点,进行分子对接验证。结果表明,积雪草酸与IA1期宫颈癌有60个交集靶点,涉及101项GO功能和30条KEGG信号通路,确定了4个核心靶点(IL1B、CXCL8、CCL2和TLR4),分子对接验证结果显示积雪草酸与核心靶点结合稳定。
目的:采用网络药理学和分子对接方法探讨积雪草酸(AA)调控铁死亡的作用机制,并在脂多糖(LPS)诱导的炎症巨噬细胞模型上进行初步验证。方法:检索SwissTargetPrediction、SEA Search Server、HERB等9个数据库获得AA相关靶点,通过FerrDb 2.0、GeneCards 5.14、KEGG、NCBI等数据库获取铁死亡相关靶点,利用Venny 2.1.0在线工具映射获得AA和铁死亡的交集靶点。采用DAVID 6.9数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,String 11.5数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用CytoHubba插件筛选出核心靶点。最后采用Autodock Tool 1.5.7软件将AA与核心靶点进行分子对接,Pymol 4.2软件对分子对接结果可视化。构建LPS诱导的RAW264.7小鼠巨噬细胞炎症模型,激光共聚焦法检测AA对炎症巨噬细胞内脂质活性氧(lipid ROS)荧光强度的影响;细胞免疫荧光法检测AA和Akt激活剂SC79对谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、p-Akt表达的影响...
目的:采用网络药理学和分子对接方法探讨积雪草酸(AA)调控铁死亡的作用机制,并在脂多糖(LPS)诱导的炎症巨噬细胞模型上进行初步验证。方法:检索SwissTargetPrediction、SEA Search Server、HERB等9个数据库获得AA相关靶点,通过FerrDb 2.0、GeneCards 5.14、KEGG、NCBI等数据库获取铁死亡相关靶点,利用Venny 2.1.0在线工具映射获得AA和铁死亡的交集靶点。采用DAVID 6.9数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,String 11.5数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用CytoHubba插件筛选出核心靶点。最后采用Autodock Tool 1.5.7软件将AA与核心靶点进行分子对接,Pymol 4.2软件对分子对接结果可视化。构建LPS诱导的RAW264.7小鼠巨噬细胞炎症模型,激光共聚焦法检测AA对炎症巨噬细胞内脂质活性氧(lipid ROS)荧光强度的影响;细胞免疫荧光法检测AA和Akt激活剂SC79对谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、p-Akt表达的影响...
目的:基于网络药理学和巨噬细胞炎症模型探讨积雪草酸(AA)抗动脉粥样硬化(AS)的作用机制。方法:首先,通过Swiss Target Prediction、CTD、GeneCards数据库获取AA相关靶点,GeneCards、TTD数据库获取AS相关靶点,之后通过Venny2.1.0在线工具映射获得AA与AS的交集靶点。采用String 11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络图并筛选出核心靶点;通过David 6.8数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析,并通过微生信在线工具对富集结果进行可视化。最后采用Cytoscape 3.7.2软件构建出“药物—靶点—疾病—通路”网络模型图。构建脂多糖(LPS)诱导的RAW264.7小鼠巨噬细胞炎症模型,通过ELISA法检测TNF-α释放水平,Annexin V-APC/7-AAD双染色法流式细胞术及Western blotting检测细胞凋亡率及凋亡相关蛋白表达,验证AA对巨噬细胞炎症和凋亡的影响。结果:网络药理学预测共获得AA抗AS的潜在作用靶点84个,GO和KEGG分析结果显示AA...
目的:基于网络药理学和巨噬细胞炎症模型探讨积雪草酸(AA)抗动脉粥样硬化(AS)的作用机制。方法:首先,通过Swiss Target Prediction、CTD、GeneCards数据库获取AA相关靶点,GeneCards、TTD数据库获取AS相关靶点,之后通过Venny2.1.0在线工具映射获得AA与AS的交集靶点。采用String 11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络图并筛选出核心靶点;通过David 6.8数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析,并通过微生信在线工具对富集结果进行可视化。最后采用Cytoscape 3.7.2软件构建出“药物—靶点—疾病—通路”网络模型图。构建脂多糖(LPS)诱导的RAW264.7小鼠巨噬细胞炎症模型,通过ELISA法检测TNF-α释放水平,Annexin V-APC/7-AAD双染色法流式细胞术及Western blotting检测细胞凋亡率及凋亡相关蛋白表达,验证AA对巨噬细胞炎症和凋亡的影响。结果:网络药理学预测共获得AA抗AS的潜在作用靶点84个,GO和KEGG分析结果显示AA...