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目的 利用高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS/MS)分析半枫荷醇提物的主要成分,结合网络药理学进一步探讨半枫荷抗风湿性关节炎有效物质及作用机制。方法 依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征分析半枫荷醇提物的主要化学成分,结合Pubchem数据库、Swiss Target Prediction数据库预测半枫荷的作用靶点。利用GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库获得疾病靶点,用Venny图绘制平台获得成分和疾病的交集靶点;通过String数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建化合物-靶点相互网络、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选核心靶点,利用David数据库对潜在的核心靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并制作GO双侧柱状图、富集结果分析图。用Cytoscape 3.9.0软件构建“活性成分-靶点-疾病-通路”网络图与活性成分与潜在靶点的网络图。用PyMOL和AutoDock Vina软件进行分子对接。结果 从半枫荷醇提物中鉴定84个成分,从数据库筛选出43种活性成分...

期刊论文 2024-03-25 DOI: 10.13501/j.cnki.42-1590/r.2024.01.012

目的 利用高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS/MS)分析半枫荷醇提物的主要成分,结合网络药理学进一步探讨半枫荷抗风湿性关节炎有效物质及作用机制。方法 依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征分析半枫荷醇提物的主要化学成分,结合Pubchem数据库、Swiss Target Prediction数据库预测半枫荷的作用靶点。利用GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库获得疾病靶点,用Venny图绘制平台获得成分和疾病的交集靶点;通过String数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建化合物-靶点相互网络、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选核心靶点,利用David数据库对潜在的核心靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并制作GO双侧柱状图、富集结果分析图。用Cytoscape 3.9.0软件构建“活性成分-靶点-疾病-通路”网络图与活性成分与潜在靶点的网络图。用PyMOL和AutoDock Vina软件进行分子对接。结果 从半枫荷醇提物中鉴定84个成分,从数据库筛选出43种活性成分...

期刊论文 2024-03-25 DOI: 10.13501/j.cnki.42-1590/r.2024.01.012

目的:采用网络药理学和分子对接方法探讨积雪草酸(AA)调控铁死亡的作用机制,并在脂多糖(LPS)诱导的炎症巨噬细胞模型上进行初步验证。方法:检索SwissTargetPrediction、SEA Search Server、HERB等9个数据库获得AA相关靶点,通过FerrDb 2.0、GeneCards 5.14、KEGG、NCBI等数据库获取铁死亡相关靶点,利用Venny 2.1.0在线工具映射获得AA和铁死亡的交集靶点。采用DAVID 6.9数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,String 11.5数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用CytoHubba插件筛选出核心靶点。最后采用Autodock Tool 1.5.7软件将AA与核心靶点进行分子对接,Pymol 4.2软件对分子对接结果可视化。构建LPS诱导的RAW264.7小鼠巨噬细胞炎症模型,激光共聚焦法检测AA对炎症巨噬细胞内脂质活性氧(lipid ROS)荧光强度的影响;细胞免疫荧光法检测AA和Akt激活剂SC79对谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、p-Akt表达的影响...

期刊论文 2023-06-26 DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.05.021

目的:采用网络药理学和分子对接方法探讨积雪草酸(AA)调控铁死亡的作用机制,并在脂多糖(LPS)诱导的炎症巨噬细胞模型上进行初步验证。方法:检索SwissTargetPrediction、SEA Search Server、HERB等9个数据库获得AA相关靶点,通过FerrDb 2.0、GeneCards 5.14、KEGG、NCBI等数据库获取铁死亡相关靶点,利用Venny 2.1.0在线工具映射获得AA和铁死亡的交集靶点。采用DAVID 6.9数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,String 11.5数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用CytoHubba插件筛选出核心靶点。最后采用Autodock Tool 1.5.7软件将AA与核心靶点进行分子对接,Pymol 4.2软件对分子对接结果可视化。构建LPS诱导的RAW264.7小鼠巨噬细胞炎症模型,激光共聚焦法检测AA对炎症巨噬细胞内脂质活性氧(lipid ROS)荧光强度的影响;细胞免疫荧光法检测AA和Akt激活剂SC79对谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、p-Akt表达的影响...

期刊论文 2023-06-26 DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.05.021

目的设计合成两类共10个基于VEGF靶点的积雪草酸衍生物,并进行抗肿瘤活性筛选。方法利用计算机辅助药物设计的方法对积雪草酸进行结构优化,以VEGF为靶点,筛选出与靶点结合能力较强的化合物。以积雪草酸为原料,在C-2位引入乙酰氧亚氨基,并将C-28位羧基烷基化或酰胺化形成衍生物。基于MTT法,选用人胃癌细胞(SGC7901)和人肺癌细胞(A549)进行体外抗肿瘤活性测试。结果与结论合成的10个目标化合物对SGC7901和A549细胞增殖均表现出较强的抑制作用,且优于积雪草酸,其中化合物6d、6e、8c、8d、8e抑制活性显著高于阳性对照吉非替尼,且分子对接表明,6e和8c与VEGF有较强的亲和力。

期刊论文 2022-01-27 DOI: 10.14142/j.cnki.cn21-1313/r.2022.01.001

目的设计合成两类共10个基于VEGF靶点的积雪草酸衍生物,并进行抗肿瘤活性筛选。方法利用计算机辅助药物设计的方法对积雪草酸进行结构优化,以VEGF为靶点,筛选出与靶点结合能力较强的化合物。以积雪草酸为原料,在C-2位引入乙酰氧亚氨基,并将C-28位羧基烷基化或酰胺化形成衍生物。基于MTT法,选用人胃癌细胞(SGC7901)和人肺癌细胞(A549)进行体外抗肿瘤活性测试。结果与结论合成的10个目标化合物对SGC7901和A549细胞增殖均表现出较强的抑制作用,且优于积雪草酸,其中化合物6d、6e、8c、8d、8e抑制活性显著高于阳性对照吉非替尼,且分子对接表明,6e和8c与VEGF有较强的亲和力。

期刊论文 2022-01-27 DOI: 10.14142/j.cnki.cn21-1313/r.2022.01.001
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