本发明公开了一种盾构隧道穿越上部建筑桩基的基础结构托换施工方法，属于隧道工程桩基托换技术领域。该方法包括以下步骤：对隧道下穿区域内建筑基础下方地基进行注浆加固，并在原承台边预留跟踪注浆条件；采用浅基坑开挖，施作梁板式筏板基础；在建筑一层柱周增设钢支撑作临时支撑；进行盾构掘进施工；根据监测结果进行跟踪注浆，最后回填基坑。本发明解决了传统盾构隧道下穿建筑物时改变隧道埋深或直接拆除房屋带来的增加额外成本及延误工期的问题；可以减少盾构机磨桩对上方建筑的影响；无需拆迁房屋，只进行浅基坑作业，保护了隧道衬砌结构和上部建筑物的安全，保证了施工的连续性。