本发明涉及一种人工湿地系统的净水方法，通过构建适用于低温环境的人工湿地系统，并在非冬季运行所述人工湿地系统时，关闭加热机构和曝气机构，通过所述进出水管路机构控制水流依次流经水平潜流湿地单元、垂直流湿地单元逐级进行水质净化，在冬季运行所述人工湿地系统时，将水平潜流湿地单元满水后作为冻土层，打开加热机构和曝气机构，通过进出水管路机构控制水流直接经垂直流湿地单元进行水质净化。本发明的净化方法与采用传统保温措施的人工湿地净化相比，能够显著提高湿地运行温度，具有脱氮除磷效果好、投资运行成本低、不易堵塞等优点，能够在寒冷的冬季依然保证净化效果。